Die Altbestände der EAB standen ursprünglich fast ausschließlich in den Klosterbibliotheken des Paderborner Landes. Der größte Teil davon stammt aus der Jesuitenbibliothek und dem ehemaligen Kloster Abdinghof (Benediktiner), weitere Teile kommen aus der ehemals großartigen Bibliothek des Augustiner-Chorherrenstifts Böddeken (bei Paderborn), aus der benediktinischen Reichsabtei Corvey, dem Zisterzienserinnenkloster Wormeln und von den Paderborner Kapuzinern. Das Ende der Klöster und damit auch ihrer Bibliotheken kam mit der Säkularisation ab 1802/03. Die ersten Jahre danach waren für die Bibliotheken verheerend. Sie wurden zwar zum Teil inventarisiert, verblieben aber meist lange noch in den verlassenen Klöstern und vermoderten oder wurden geplündert.
In Paderborn bot sich als Auffangstation für die Reste der Klosterbibliotheken das sogenannte Universitätshaus an, in dem sich auch die Bibliothek der ehemaligen Jesuitenuniversität, die sogenannte Bibliotheca Theodoriana, die nach dem Gründer der Universität, dem Fürstbischof Theodor von Fürstenberg (1585-1618), benannt ist. Hier wurden die übriggebliebenen Klosterbücher integriert. Die Bibliothek selbst wurde in den Räumen des Gymnasium Theodorianum aufgestellt.
Im Jahre 1913 kamen die philosophischen und theologischen Bestände der Bibliotheca Theodoriana sowie die Handschriften und Inkunabeln vom Gymnasium in die noch junge Akademische Bibliothek und wurden innerhalb dieser Bibliothek zum zentralen Altbestand.